Nửa đầu mùa giải này của del Potro đã bị ảnh hưởng bởi chấn thương và việc thay đổi huấn luyện viên. Anh bắt đầu với trận thua ngay tại vòng một giải Adelaide, nơi được xếp hạt giống số 7. Tiếp đó, del Potro vào đến vòng hai của Australian Open, nhưng lại buộc phải bỏ cuộc trước David Ferrer khi tỉ số đang là 3-6, 4-6 vì chấn thương. Đến tháng Ba, del Potro quay lại thi đấu và có được chiến thắng trước Jesse Levine, 7–5, 6–1 ở vòng một giải Sony Ericsson Open, nhưng sau đó để thua Lopez 4-6, 2-6. Vật lộn với chấn thương, thứ hạng của anh tụt xuống tận thứ 81 vào tháng Tư. "Ở thời điểm đầu năm, tôi đã chơi tốt nhưng lại gặp phải nhiều chấn thương, những vấn đề với cơ thể và sức khỏe", del Potro nói. "Tôi đi đến quyết định thay đổi huấn luyện viên, thay đổi người phụ trách vấn đề thể lực, nói chung là thay đổi mọi thứ".

Tháng Năm, del Potro một lần nữa phải bỏ cuộc, lần này là tại vòng một giải Rome Masters, khi anh đang có tỉ số 7–5, 4–6, 0–1 trước Andy Murray. Trong thời gian diễn ra set hai, tay vợt người Argentina đã có những câu nói không hay về mẹ của Murray. Sau đó, del Potro giao bóng hỏng ba lần liên tiếp và buộc phải dừng trận đấu vì chấn thương lưng. Ở giải Grand Slam thứ hai trong năm, Pháp mở rộng, anh để thua tại vòng hai trước Simone Bolelli sau 4 set. Đến tháng Sáu, del Potro đã lọt vào bán kết giải sân cỏ Ordina Open, nhưng để thua hạt giống số một và cũng là người vô địch sau đó – David Ferrer trong hai set. Năm thứ hai liên tiếp, anh bị loại ngay từ vòng hai giải Wimbledon, lần này là bởi Wawrinka sau ba set với tỉ số 6–7(5), 3–6, 5–7.